Dans le deuxième bassin , les bactéries dégradent les matières en suspension. Cette dégradation rejette du méthane et de l'oxygène, ce qui favorise le développement des algues. Cette étape permet d'éliminer les micro-organismes et le dioxyde de carbone.

Dans le troisième bassin, il y a épuration bactérienne par l'intermédiaire de la lumière. Cette étape consiste donc à l'élimination des bactéries pathogènes.

Après cette épuration, l'eau se jette dans un ancien bras du Rhône (une lône). Cette opération permet de diminuer la DBO (Demande Biologique en Oxygène) des eaux usées et donc d'assainir cette eau. Cette DBO représente la quantité d'oxygène nécessaire pour que la matière organique soit dégradée par les micro-organismes.

Au total, l'eau séjourne environ 60 jours, ce qui permet une bonne élimination des matières organiques ainsi que les bactéries. Cependant, le lagunage présente quelques inconvénients, en particulier la formation de lentilles d'eau (de couleur verte) dans les 2ème et 3ème bassins empêchant ainsi le passage de la lumière qui sert à l'élimination des bactéries. Ce système présente également des atouts, essentiellement celui de s'intégrer parfaitement dans le paysage.